Su construcción concluyó en 1585; sin embargo, al igual que todas las iglesias, pasó por varias reformas arquitectónicas y artísticas que modificaron su aspecto original. Una de las más importantes fue la renovación neoclásica de José Manzo y Julián Ordoñez en 1835, la cual desapareció en 1970 para devolver el ambiente de austeridad original.
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Durante el siglo XVIII, se realizó el proyecto de reformar la fachada con cantera, ladrillo rojo y azulejo, con un diseño similar al de los retablos de madera del interior de las iglesias.
Se combinaron tableros de loza blanca vidriada, conocida como Talavera poblana, con ladrillo rojo. Cada uno de ellos presenta jarrones con ramos de flores polícromas, ramas y hojas, como símbolo de la Inmaculada Concepción, protectora de la diócesis de Puebla.
En los muros se conservan tres lienzos de tema franciscano. El primero representa “Los frutos de la religión seráfica” como lo refiere la cartela que se encuentra en la esquina inferior izquierda de la obra.
El segundo representa a los primeros doce franciscanos que llegaron a la Nueva España, para predicar y difundieron la palabra de Cristo.
El tercer lienzo es el más dramático y tiene como tema “Los Mártires de Gorkum”, que representa el martirio de 19 frailes.
Dentro de una de las capillas del templo se encuentra el cuerpo del beato Fray Sebastián de Aparicio. Es patrono de los choferes, ya que solía ir con sus carretas cargadas de leña, debido a que su oficio era el de carretonero.
Por este motivo en la calle se enfilan los autos recién comprados, para ser bendecidos.
Según algunas leyendas, la vida de Sebastián de Aparicio siempre estuvo llena de milagros.
Se cuenta que de recién nacido contrajo una enfermedad durante una epidemia y su madre lo abandonó fuera de la ciudad; fue rescatado por una loba que lo mordió, provocándole un sangrado que milagrosamente lo curó.
Después de haber enviudado en dos ocasiones, decidió tomar el hábito franciscano a los 71 años. Luego de probar su vocación, fue aceptado en el convento de México y de ahí enviado a Tecali y a Puebla.
Durante su vida de fraile, se dedicó a recoger limosnas para mantener a sus hermanos. El 20 de febrero de 1600 murió en el convento de Puebla.
Tras su muerte, al hacerse los cimientos de la capilla de la Virgen Conquistadora, se encontró su cuerpo incorrupto, que fue colocado en una mesa para ser venerado por los fieles. Esto provocó que se le arrancaran dedos, piel y hasta se llegara a robar su cabeza con el fin de obtener reliquias.
La cabeza fue recuperada en malas condiciones, por lo que se cubrió con una mascarilla de cera.
Tras su beatificación en 1789, se permitió el culto público colocando sus restos en la urna que hasta hoy se conserva.